Tuttavia le concessioni fatte dal Trattato di Limerick furono ben presto ignorate e sostituite nel 1695 dalle Penal Laws, note anche come Codice del Papista. Queste leggi, approvate dai nobili protestanti per consolidare il loro potere, privarono i cattolici del diritto di voto, li esclusero dall'esercito e da ogni carica pubblica e politica, vietarono loro l'acquisto delle terre: all'inizio del 1700 solo il 14% delle terre apparteneva ai cattolici. La cultura, la lingua e gli usi irlandesi vennero messi al bando. Solo agli Scozzesi che si erano insediati nell'Ulster nel 1600, per lo più di religione presbiteriana, fu riservato un trattamento meno severo. Il Parlamento irlandese, dipendente dalla Corona d'Inghilterra, sarebbe stato eletto solo dai ricchi coloni protestanti di lingua inglese. Per 'Protestanti' si intendevano solo i membri della Chiesa anglicana, fedeli alla Corona, mentre i Calvinisti, Puritani o Presbiteriani, chiamati 'Dissidenti' (Dissenters), molto numerosi tra i coloni nel Nord dell'Irlanda, mantenevano i diritti civili e quello di proprietà, ma erano esclusi dal godimento dei diritti politici. I cattolici dal canto loro furono costretti alla clandestinità. Cominciò così a diffondersi l'attività dell'Irlanda Segreta, quella delle Hedge Schools, scuole illegali all'aperto, dove si continuavano ad insegnare la lingua e la cultura irlandesi, quella delle messe celebrate in luoghi segreti, dei White Boys cattolici e degli Hearts of Oak protestanti, che organizzarono la lotta armata contro i nuovi proprietari terrieri conquistatori. Molti cattolici appartenenti alle classi istruite si convertirono alla religione protestante per non danneggiare la propria carriera e perdere le ricchezze; una parte di nobili irlandesi invece trovarono riparo all'estero, in Francia, in Spagna, in Italia, mentre molti cattolici della classe media cominciarono a dedicarsi ai commerci.

A partire dal 1715 le asprezze contro i cattolici cominciarono a mitigarsi, sebbene restassero ancora in vigore molte delle restrizioni relative alla copertura di cariche pubbliche. Henry Grattan, un avvocato protestante eletto al parlamento di Dublino, fondò nel 1759 il Partito dei Patrioti che lottò per l'abrogazione delle Penal Laws. Solo nel 1778, sotto l'influenza della Rivoluzione americana, le disposizioni più feroci delle Leggi Penali cominciarono a venire abrogate e le restrizioni imposte al commercio revocate; nel 1793 ai cattolici abbienti fu addirittura restituito il diritto di voto ma non quello alla candidatura. Forti del successo della rivoluzione americana, i cattolici riuscirono ad ottenere nel 1782 una Dichiarazione di Indipendenza che impediva al Parlamento londinese di legiferare su questioni prettamente irlandesi (il nuovo organismo governativo noto con il nome di Grattan' s Parliament). Da un punto di vista costituzionale, dunque, Irlanda e Gran Bretagna erano separate e l'unico legame era rappresentato dalla fedeltà al sovrano britannico. Nonostante questo i cattolici continuarono ad essere esclusi dal parlamento, con il risultato che un Paese, costituito per 9/10 da cattolici continuava ad essere governato da un parlamento protestante.